Przerost gruczołu prostaty jest częstym problemem u mężczyzn powyżej pięćdziesiątego roku życia. Uważa się, że główną przyczyną przerostu prostaty jest zaburzony mechanizm wydalania starych obumarłych komórek i zastępowania ich nowymi, zdrowymi. Ponadto, wraz z wiekiem spada u mężczyzn aktywność seksualna, co przekłada się na dużo rzadsze „odświeżanie” starego ejakulatu i zastępowanie świeżym w prostacie. W konsekwencji prowadzi to do stanów zapalnych prostaty, powiększenia gruczołu, a często nawet do nowotworu prostaty.

Męski hormon – testosteron, sam w sobie nie jest szczególnie aktywny. Aby uzyskał swoją pełną funkcjonalność musi być przekształcony w dihydrotestosteron (DHT), czyli w tak zwaną „aktywną formę testosteronu”, która jest kilkaset razy aktywniejsza. Nadmiar dihydrotestosteronu (DHT) może jednak powodować uszkodzenie komórek, a nawet wywoływać powstawanie komórek kancerogennych. W tym przypadku progesteron odgrywa dwie bardzo ważne funkcje. Po pierwsze, progesteron hamuje enzym obwodowego działania 5-α-reduktazy (5-α-reduktaza steroidowa typu II), który reguluje przemianę testosteronu do DHT, a tym samym zapobiega nadmiarowi dihydrotestosteronu. Po drugie, progesteron jest bardzo ważny przy zmniejszaniu ryzyka powstawania komórek kancerogennych (nowotworowych).

Wszystkie komórki mają określoną żywotność i po osiągnięciu dojrzałości dochodzi do naturalnego procesu zaprogramowanej śmierci komórki. Dzięki temu mechanizmowi z organizmu usuwane są zużyte lub uszkodzone komórki. Proces ten nazywa się apoptozą. Jeżeli „stare i zużyte” komórki nie obumierają w swoim naturalnym cyklu, a dalej się rozwijają i dzielą, są narażone na zaburzenia, w tym zaburzenia kancerogenne. Zarówno estrogeny jak i testosteron są silnymi stymulatorami wzrostu komórek – taka jest ich funkcja. Kiedy dochodzi do zespołu dominacji estrogenów, bez odpowiedniego antagonistycznego działania progesteronu, „stare i zużyte” komórki, które powinny ulec apoptozie, dalej żyją i dzielą się na nowe komórki, stwarzając realne zagrożenie tworzeniem się komórek kancerogennych. Badania dowiodły, że testosteron ma podobne działanie, jak w przypadku estrogenu.

Dr John Lee w swoich badaniach nad progesteronem zauważył, że podanie naturalnego progesteronu przywraca prawidłową pracę komórek oraz naturalny proces apoptozy – komórki obumierają w czasie, w którym powinny obumrzeć i zostają zastąpione przez nowe, świeże i zdrowe komórki.

Ponadto progesteron, jako naturalny antagonista dla estrogenu i dihydrotestosteronu, równoważy ich nadmiar oraz niekorzystny wpływ na organizm. Jest to niezmiernie ważna cecha z uwagi na przeogromny wpływ ksenoestrogenów i fitoestrogenów w codziennym życiu.

Nadmierna konwersja testosteronu do dihydrotestosteronu może również powodować łysienie typu męskiego, szczególnie, gdy jego prekursor testosteron jest dostarczany z zewnątrz, czyli na przykład podczas stosowania dopingu lub leczenia zaburzeń erekcji. Niekiedy łysienie może być dziedziczne.

Pomimo, że osteoporoza występuje znacznie częściej u kobiet, to wciąż jest ona chorobą obu płci. U mężczyzn, podobnie jak u kobiet, nadmiar estrogenów ma bardzo duży wpływ na funkcjonowanie zarówno osteoblastów, jak i osteoklastów. Osteoklasty, zwane komórkami kościogubnymi, odpowiedzialne są za niszczenie starych komórek kości, celem zastąpienia ich przez nowe. Osteoblasty, nazywane komórkami tworzącymi kości (kościotwórczymi), odpowiedzialne są za wypełnianie „luk” po kościogubnym działaniu osteoklastów. Podczas dominacji estrogenów dochodzi do sytuacji nadmiernego hamowania działania osteoklastów i osteoblastów. Ze względu na to, „stare” i „kruche” komórki kości nie są prawidłowo wymieniane na nowe i zdrowe komórki kości. Podanie naturalnego progesteronu w tym przypadku ma podwójne działanie. Po pierwsze, znosi zespół dominacji estrogenów i normalizuje jego poziom. Skutkiem tego jest poprawa pracy osteoklastów, czyli komórek kościogubnych. Po drugie, progesteron aktywuje i pobudza do działania osteoblasty, które mają za zadanie wypełnić „luki” zdrowymi komórkami kości po działaniu osteoklastów. Mężczyźni produkują dużo mniej progesteronu niż miesiączkujące kobiety. Niemniej jednak, wiele opracowań medycznych oraz Dr John Lee zalecają przyjmowanie progesteronu przez mężczyzn na poziomie 8-12mg na dobę.